Scéna 9: Zion, Linkův domov

    Link, nový operátor Nebu, na nějakou dobu opouští kolegy aby se viděl se svou rodinou. Tráví několik tichých chvil se svou ženou Zee. Zee namítá, že je stále někde pryč a ptá se ho, proč zrovna on musí být na Morpheově lodi. Link vysvětluje, že to slíbil Tankovi a Dozerovi, protože kdykoliv je potřeboval, pomohli mu a proto teď on musí udělat něco pro ně. Zee chápe.

Scéna 10: Zion, Velitelství Hnutí odporu

    Začíná velké schromáždění ohledně informace, že Matrix vypouští milióny sond, chobotniček, které mají zaútočit na Zion a o obrovských důlních operacích, které mají dosáhnout až Zemského jádra a zničit Zion. Lock vydává rozkazy, aby všechny lodě zůstaly na městem a chránily jej v případě, že sondy zaútočí. Morpheus je znepokojen těmito rozkazy, protože plánoval zůstat v kontaktní hloubce a vrátit se a bojovat v Matrixu. Lock toto odmítá. Také ještě není přesvědčený, a není sám, o tom, že Neo je Vyvolený. Nevěří, že je možné vyhrát zevnitř Matrixu. Podle něj musí být boje vedeny ve skutečném světě. Morpheus věří v Nea a je přesvědčený o tom, že klíč k poražení Matrixu je uvnitř umělého světa a je třeba jen najít způsob, jak porazit stroje zevnitř jejich vlastního světa a naplnit tak proroctví, proroctví o tom, že vyvolený uvolní všechny lidi na světě. Oba se dostávají do ostrého střetu. O všem musí rozhodnout Hamman. V rozporu s Lockovými rozkazy, se Morpheus rozhoduje, vrátit se zpět do Matrixu a vzít Nea za Vědmou. Ví, že Vědma má Neovi co říct, teď když se naučil své schopnosti ovládat a je plně přesvědčen, že je Vyvolený. Neb a ještě jedna loď opouští Zion. Niobi se připojuje k Morpheovi. Niobi je kapitán oddělené lodi, která také míří k Matrixu. Není překvapením, že Niobi pracuje pro Locka.